Ну вот примерный сюжетик)) Возможно он ещё будет дополняться по ходу игры.

Коноха:  Уход Саске сильно повлиял на его друзей, Сакуру и Наруто. Они решили продолжать тренироваться, чтобы потом вернуть Саске у Орочимару. Их друзья, Хината, Неджи, Рок Ли, Киба и остальные, поддерживают Узумаки и Харуно. Джанины усиленно тренируют ребят. В это же время, становится известно, что Акацуки поймали практически всех джинчурики. И теперь им необходим Наруто. На Коноху готовится нападение.

Суна: Исчезновение Темари, нападения со стороны Ивы, заставило Казекаге обратиться за помощью в Конохе. Он посылает туда своего старшего брата Канкуро, ученицу Матсури и (Хэйсти) с просьбой о помощи, взамен обещая союз и поддержку, в войне против Акацуки

Акацуки: В Акацуки все по-новому. Пейн сумел вернуть к жизни Сасори, подарив ему его настоящее тело. Дейдара, как оказалась, инсценировал свою смерть. Оба отступника, сейчас снова находятся в организации Акацуки и продолжают свое дело.
Лидер Акацук очень обеспокоен недавними событиями и решил создать импровизированные команды для наблюдения за деревнями...и конечно же за демонами..

Новые списки команд:

Хидан
Учиха Итачи

Конан
Сасори

Дейдара
Темари

Пейн
Зетсу

Какудзу
Кисаме

Ото: Саске и его команда, тренируются под началом Орочимару и Мадары Учихи. У них появился новый план для захвата Конохи. К тому же, они хотят заключить мир с Акацуки. Но пойдут на это сами Акацуки?

Ива: Тсучикаге решил заключить мирный договор с Кири и напасть на Суну.

*Прим.
Темари вступает в организацию Акацуки, благодаря встрече с Итачи. Она решает бросить свою деревню и стать преступницей.